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Improving performance of docking-based virtual screening by structural filtration

Novikov, Fedor ; Stroylov, Viktor ; Stroganov, Oleg ; Chilov, Ghermes

Journal of Molecular Modeling, 2010, Vol.16(7), pp.1223-1230 [Rivista Peer Reviewed]

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TSAR, a new graph–theoretical approach to computational modeling of protein side‐chain flexibility: Modeling of ionization properties of proteins

Stroganov, Oleg V. ; Novikov, Fedor N. ; Zeifman, Alexey A. ; Stroylov, Viktor S. ; Chilov, Ghermes G.

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, September 2011, Vol.79(9), pp.2693-2710 [Rivista Peer Reviewed]

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Hit clustering can improve virtual fragment screening: CDK2 and PARP1 case studies

Zeifman, Alexey ; Stroylov, Victor ; Novikov, Fedor ; Stroganov, Oleg ; Zakharenko, Alexandra ; Khodyreva, Svetlana ; Lavrik, Olga ; Chilov, Ghermes

Journal of Molecular Modeling, 2012, Vol.18(6), pp.2553-2566 [Rivista Peer Reviewed]

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CSAR scoring challenge reveals the need for new concepts in estimating protein-ligand binding affinity

Novikov, Fedor N ; Zeifman, Alexey A ; Stroganov, Oleg V ; Stroylov, Viktor S ; Kulkov, Val ; Chilov, Ghermes G

Journal of chemical information and modeling, 26 September 2011, Vol.51(9), pp.2090-6 [Rivista Peer Reviewed]

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Lead Finder docking and virtual screening evaluation with Astex and DUD test sets

Novikov, Fedor N ; Stroylov, Viktor S ; Zeifman, Alexey A ; Stroganov, Oleg V ; Kulkov, Val ; Chilov, Ghermes G

Journal of computer-aided molecular design, June 2012, Vol.26(6), pp.725-35 [Rivista Peer Reviewed]

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Molecular modeling studies of substrate binding by penicillin acylase

Chilov, G. ; Stroganov, O. ; Švedas, V.

Biochemistry (Moscow), 2008, Vol.73(1), pp.56-64 [Rivista Peer Reviewed]

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Developing novel approaches to improve binding energy estimation and virtual screening: a PARP case study

Novikov, Fedor N ; Stroylov, Viktor S ; Stroganov, Oleg V ; Kulkov, Val ; Chilov, Ghermes G

Journal of molecular modeling, November 2009, Vol.15(11), pp.1337-47 [Rivista Peer Reviewed]

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Quantum chemical studies of the catalytic mechanism of N-terminal nucleophile hydrolase

Chilov, G. ; Sidorova, A. ; Švedas, V.

Biochemistry (Moscow), 2007, Vol.72(5), pp.495-500 [Rivista Peer Reviewed]

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